わかりづらい場所にあるのでシェアしておきます。

[設定 - リーダー設定] > [登録フィード]の画面
いずれかのフィードの「フォルダに追加」ボタンをクリックし「新しいフォルダ」を選択します。


ポップアップされた入力フィールドにフォルダ名を入力すれば新しいフォルダが作成されます。

追記 2012年01月27日

最新のGoogle Readerの場合はサイドバーからも新規フォルダが作成できます。

サイドバーの「登録フィード」リストにあるいずれかのフィードにマウスを重ねると、右側に下三角マークが表示されます。


下三角マークをクリックするとサブメニューが表示されますので、一番下にある「新規フォルダ」を選択します。


こちらの方法でもフォルダが作成できます。