CakePHPでは、ヘッダーやフッターなどの共通パーツは、
/app/views/elements/ 配下で管理するとよいです。

例えばヘッダーの場合は、
以下のようにヘッダー部分を切り出したctpファイルを配置します。
/app/views/elements/header.ctp

view側では、ヘッダーを表示させたい場所でelementメソッドを使用します。

<?php echo $this->element('header'); ?>

※renderElementメソッドでも同様です。


/app/views/elements/ 配下はディレクトリにわけて管理することもできます。

その場合は、以下のように記述します。階層は深くなっても問題ないです。

<?php e($this->element('ディレクトリ名/header')); ?>