session.use_trans_sidを使用すれば、
HTML内の相対リンクにセッションIDを自動的に追加することができます。

ini_set('session.use_trans_sid',1);

CakePHPを使ってる人から数人、
session.use_trans_sidを有効にしてもセッションIDが追加されない、
という声を聞ききました。

そういう場合は、
CakeのSessionコンポーネントがurl_rewriter.tagsに空文字をセットしている可能性が高いので確認してみてください。

ini_set('url_rewriter.tags','');

こうなっていると、セッションIDを追加する場所がないので（空なので）、
session.use_trans_sidを無効にしているのと同じことです。

aタグ、formタグにセッションIDを自動的に追加したい場合は以下のようにします。

ini_set('url_rewriter.tags','a=href,form=action');

ちなみに、php.iniのデフォルト設定はこちらがセットされているようです。

a=href,area=href,frame=src,form=,fieldset=